Melanotan-II je priporočljivo hraniti pri -20 stopinjah. Nizke temperature upočasnijo hitrost kemičnih reakcij in zmanjšajo verjetnost reakcij z okoljskimi dejavniki, kot sta kisik in vlaga, ter tako preprečijo razgradnjo, oksidacijo ali druge oblike kvarjenja.
Prepričajte se, da je embalaža med shranjevanjem tesno zaprta, da preprečite vdor zraka in vlage. Izogibajte se ponavljajočim se ciklom zamrzovanja-odmrzovanja, saj lahko povzročijo agregacijo peptidov, zmanjšano aktivnost ali strukturne poškodbe, kar vse ogrozi učinkovitost. Če je potrebna večkratna uporaba, alikvotirajte izdelek na manjše dele in za vsako uporabo vzemite en sam delež.